第1册：《进入食物链金字塔》 这是这本书的开篇，故事讲的是主人公呦呦，虽然只是一片小小的树叶，身在生物界的底层，但呦呦从不缺少爱。呦呦最爱妈妈，却从来没有见过爸爸，爸爸似乎离他很遥远。当呦呦长大时，他想知道的事情越来越多。山羊博士适时教导他，如叶片的形态、光合作用、食物链，以及关于他爸爸的一点线索。 第2册：《闯入太阳系》 本篇故事讲的是执意寻找爸爸的呦呦从地球出来，直奔太阳而去。一路上，呦呦先后认识了太阳系的八大行星，以及彗星、流星、小行星等，并如愿见到了太阳。但太阳并不是他的爸爸。为了找到爸爸，呦呦需要继续寻找新的线索。 第3册：《星座探寻》 本篇故事讲的是呦呦从太阳系脱身后，开始在更广阔的天穹上遨游，继续寻找爸爸的线索。在这个过程中，呦呦从30句七言诗以及各种精彩的传说和故事中，了解了天空中的88个星座。于是呦呦想到应该去求助其中最聪明的人。 第4册：《星系漫游》 本篇故事讲的是呦呦不仅认识了星系、星系团、超星系团和宇宙中更高级的天体系统，而且他的伙伴越来越多。大家都很喜欢这个绿色的新朋友。为了找到爸爸的线索，哟哟孤身一人遨游在无边无际的宇宙中，虽然还没有找到爸爸，但他的知识越来越丰富。 第5册：《从夸克到种子》 本篇故事讲的是呦呦意外地从宇宙黑洞跑到了最小的粒子——夸克世界中，见识了夸克、质子、中子、电子以及原子核的模样，还了解了染色体、DNA，以及各种与生命信息有关的知识。呦呦要从这里找到爸爸的新线索。 第6册：《基因河漂流》 本篇故事讲的是呦呦应邀随染色体团队去基因河观摩，试图通过种族的线索找到他的爸爸。基因河是物种进化河，每个物种都是基因河的一条支流。呦呦逆流而上，又顺流而下，他看到了物竞天择、适者生存的演化法则导致的一幕幕场景，更看到了由爱迸发出的希望的力量。 第7册：《人类起源寻踪》 本篇故事讲的是呦呦随着染色体团队进入了基因河中的人科河，见识了人类历史进程中的各个形态，包括从鱼到猿再到人的进化历程。呦呦开始思考一个比找爸爸更深的难题：思想从哪里来？而且，呦呦惊奇地发现，似乎所有的人都有一个共同的祖先。 第8册：《人体探险》 本篇故事讲的是呦呦和染色体组长的人体之旅。呦呦他们乘坐的飞船被送入一个小男孩的身体内，他开始见识了人体腹腔的各器官以及胸腔内的主要器官——肺。然后，呦呦又要从心脏出发，完成了一趟血管环游。在这个故事中，呦呦开始关注有关未来的事情。 第9册：《血管环游记》 本篇故事讲的是呦呦的心脏、血管和脑腔之旅。在血管中的经历是呦呦遭遇过的最惊险的时刻，他开始悟出一些问题答案。生老病死、思维、快乐，以及真善美、假恶丑的意识，都让呦呦无比新鲜。更令呦呦激动的是，他知道他要在生日那天见到爸爸。 第10册：《绿色未来》 本篇故事是《一片叶子的旅行》的大结局，讲述了呦呦从脑腔掉入到鼻腔后，如何通过咽鼓管爬入耳道并重返视神经大道、最终见到爸爸的故事。在此之前，呦呦的爸爸告诉呦呦，这个世界的过去充满了危机，暗示呦呦，要用科学和爱创造绿色的未来。