在整体结构上，第二版进一步突出创新的经济学研究主题，加强创新驱动经济发展的论述，将企业创新能力进一步拓展至区域创新能力、国家创新能力，删除了*版中“技术创新的动力模式”一章，增加了“创新绩效”一章；*版“绪论”改为“创新与经济发展”，1.3节“创新的经济意义”改为“创新对经济发展的贡献”；“创新能力”一章增加了“5.1创新能力的分层”一节；“基于技术创新的市场创新”一章增加了“8.3技术市场创新”一节;“国家创新系统”一章增加了“11.4国家创新系统的整体竞争优势分析”一节。在研究内容上，第二版进一步吸收了近10年来创新研究的*新成果，突出创新理论与中国创新实践的结合，增加了创新对中国经济增长的贡献、中国激光照排技术创新过程、海尔集团合作创新战略、中国电视机产业创新能力演变、中国高技术产业创新绩效、华为科技有限公司的技术创新与制度激励等案例分析的内容。第二版在资料和数据方面进行了全面修订，紧跟时代步伐，相关数据资料尽可能更新至2016年。