从评价目标、评价原则与评价主线入手，构建主体功能区生态预算绩效评价的基本模型。从预算决策绩效、预算执行绩效、预算报告绩效与预算合作绩效等角度，设计主体功能区生态预算系统静态绩效评价指标体系。从主体功能区经济发展、社会治理与生态管理3个维度设计生态预算动态绩效评价指标，并结合主体功能区的不同的功能定位，在专家打分的基础上，采取层次分析法确定各指标的权重。并在长江三角洲地区5市应用优先开发区生态预算绩效评价指标、广西北部湾经济区4市应用重点开发区生态预算绩效评价指标、桂西资源富集区河池市10县应用开发区生态预算绩效评价指标，并针对主体功能区生态预算绩效评价发现的共性问题从理论层面提出建议，就改进长江三角洲地区5市、广西北部湾经济区4市、桂西资源富集区河池市10县生态预算流程，提升生态预算动态绩效提出具体措施。