《中国思想文化史论稿》包括六大部分，分别是历史渊源与文化认同、子学时代与经学问题、地下文书与秦汉思想社会、宋代道论与解经新变、明清关学与经学融通、文化反思与现代意义，将思想史与文化史相结合，运用历史流传文献、地下出土文献以及诗歌戏曲等思想文化载体，通过个案研究与专题分析，考察思想、文化与社会的内在关联与变化规律，重视历史与历史学的二重性及其积极意义，揭示历史传说、流传典藉、地下文献以及文学文本在历史文化重构、认同与创新中的重要功能。