我国高等教育具有人力资本效应和经济、社会效应。我国高等教育投入形成的人力资本存量效应在1952—2008年增长了522倍。高等教育投入对经济增长和生产率提高具有强正向效应, 但效应总量较低。高等教育具有明显的社会效应，接受高等教育的人口比例越高，社会越和谐，社会治理成本越低。高等教育投入受政府、私人等因素影响。 高等教育投入存在两大困惑：高等教育投入—收益时间滞后性；受高等教育的劳动者由经济落后地区向经济发达地区流动，对经济落后地区政府的高等教育投入产生反向性制约。 地区间高等教育发展不均衡，投入—收益滞后和劳动力流动导致投入—收益区域分割矛盾；高等教育接受者风险及收入格局抑制了私人投入的积极性。高等教育大众化时期国家负担减少，民众负担增多、风险上升，政府和私人、区际政府对高等教育投入分担问题跃然而出。 我国高等教育投入中政府和家庭两大主体理论分担比率应为0.433:0.567。知识更新和机会成本上升，需要政府增加高等教育投入。国家应统筹高等教育投入，减少因投入—收益分割而造成区域间高等教育发展不均衡。