城市设计课程是上述课程中面向城市问题的设计课。课程强调跨文化的城市问题研究方法，学习掌握城市设计的一般性方法及不同社会文化背景下的差异性途径。每年的城市设计课程选取典型类型的城市地区，对其发展状况及面临的典型问题进行分析探讨，并提出地区更新的空间设计策略。近年来课程选题涉及“知识城市”“生态城市”“安全城市”“边缘城市”等，其中2015年以“安全城市”为主题的设计成果参加UIA-PHG国际建筑师协会（公共卫生组）“可移动医疗设施”世界大学生设计竞赛，清华大学6个团队中的2个团队分别获得全球第2名和第5名的成绩。